Atlassianのサポートの方から64-bit JVMは推奨していないと教えていただき、32-bitに変えてみたところ、多少重い時は相変わらずあるものの全くアクセス不能になることはなくなりました。
ポインタとして示していただいたFishEyeのSystem Requirements にも下記のように急激にメモリを消費するってちゃんと明記されていました。
We strongly recommend the use of a 32-bit JDK/JRE rather than a 64-bit JDK/JRE. 64-bit JDK/JREs will consume the available RAM more rapidly, and this may result in poor performance.
他のインストール方法や管理、パフォーマンスチューニングのドキュメントは読んでたけど、肝心のSystem Requirementsはスルーしてました。。
32-bit JVMに変えたのでVMのパラメータも変更しました。
FISHEYE_OPTS="-Xms512m -Xmx2048m -XX:NewSize=256m -XX:MaxNewSize=256m \ -XX:PermSize=128m -XX:MaxPermSize=128m"
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